硕士知网作为一款常用的文献查重工具，其查重参考文献的方法主要包括手动查重、自动查重和交叉查重。手动查重是指逐一比对论文内容与参考文献，需耗费大量时间但效果较好；自动查重则是借助硕士知网的查重系统进行快速比对，但可能漏检；交叉查重则结合手动和自动查重的优势，提高查重准确性。

此外，硕士知网还提供了文献相似度检测、文献去重等功能，帮助用户更全面地进行文献查重。用户在使用硕士知网查重参考文献时，应根据论文的具体要求选择合适的查重方法，确保论文通过查重审核，提高学术水平和质量。